تأسس معهد الدراسات القبطية كمؤسسة أكاديمية وعلمية وتعليمية، ليُكمل ويوسع نطاق الرسالة العلمية التي أطلقتها الجمعيات الوطنية المعنية بالتراث القبطي في مصر، وكذلك الجامعات الدولية المعنية بدراسة الحضارة القبطية في الخارج. وقد وفّر تأسيسه منصةً جامعةً لتخصصات الدراسات القبطية المتشرذمة سابقًا، والتي تشمل اللغة والأدب والتاريخ والآثار واللاهوت والفن والموسيقى والعمارة والعلوم الاجتماعية، إلى جانب الثقافة والحضارة والفكر والفلسفة، مما ساهم في توحيدها في إطار أكاديمي شامل.

يهدف المعهد بشكل رئيسي إلى تنشئة وتأهيل جيل جديد من الباحثين، الذين يُعتبرون حجر الزاوية في جهود إحياء التراث القبطي المصري والحفاظ عليه.