يكرّس المعهد جهوده لتوثيق وحفظ التراث المادي والمعنوي للحضارة القبطية للأجيال القادمة. ويقدم برامج دراسات عليا معتمدة (دبلوم، ماجستير، ودكتوراه) في مختلف مجالات الدراسات القبطية، معززًا بذلك التميز الأكاديمي والتقدم العلمي. ومن خلال تعاونه مع المؤسسات المحلية والدولية، يشجع المعهد البحث والتبادل الثقافي والتقدير العالمي للتراث القبطي. ويخدم المعهد الكنيسة والمجتمع والأمة من خلال المشاركة الروحية والعلمية والثقافية، مساهمًا في التنمية الفكرية والاجتماعية. وفي إطار التزامه بتعزيز الوعي بالتراث القبطي، يوائم المعهد رسالته مع المعايير الأكاديمية المعاصرة ، مؤكدًا دوره الريادي في الحفاظ على التراث القبطي والبحث فيه والنهوض به لمصر والعالم.