بدأ قسم الألحان والموسيقى القبطية نشاطه عام 1922م على يد الدكتور راغب مفتاح، أي قبل تأسيس المعهد بثلاثة عقود، بهدف تسجيل وتدوين الألحان القبطية والحفاظ عليها. على مر السنين، جمع القسم أرشيفًا نادرًا من التسجيلات وأصبح مرجعًا عالميًا في مجاله، مع تعاونات علمية مع جامعات من إنجلترا وأمريكا وألمانيا. وفي عام 2019م، شهد القسم تطويرًا شاملاً لاستوديو الصوتيات باستخدام أحدث تقنيات العزل والتسجيل والماسترينج، ليصبح من أحدث استوديوهات الصوت في مصر والشرق الأوسط.