يجب على طلاب الدكتوراه في معهد الدراسات القبطية تقديم أطروحة دكتوراه مبنية على بحث أصلي في تخصصهم المختار، مثل اللاهوت، والتاريخ، والتراث، والفنون، والأثار، والدراسات الاجتماعية وغيرها. يشترط القبول الحصول على درجة الماجستير في مجال ذي صلة واجتياز مقررات ما قبل الدكتوراه إن وجدت. يجب مناقشة الأطروحة بنجاح أمام لجنة أكاديمية، وغالبًا ما تتضمن شروط النشر العلمي أو المساهمة في هذا المجال. عند إتمامها، يحصل الخريجون على درجة الدكتوراه.